قد يكمن فيروس الأيدز في جسم الشخص لعشر سنوات أو أكثر بدون أن يحدث أي مرض. كما ان نصف الاشخاص المصابين بالايدز يظهر لديهم اعراض مصاحبة لامراض اخرى تكون في العادة أقل خطورة من الأيدز. لكن بوجود العدوى بالايدز فإن هذه الاعراض تطول وتصبح أكثر حدة وهذه الاعراض تشمل تضخم الغدد اللمفاوية وتعباً شديداً وحمى وفقدان الشهية وفقدان الوزن والاسهال والعرق الليلي، والتهاب اللثة، وقرح الفم، والعلل الجلدية، وتضخم الكبد أو الطحال أو كليهما، فاذا صارت هذه الأعراض مزمنة، فإن الشخص الذي يعانيها يعتبر مصاباً بما يسمى مركب الحالات المتعلقة بالايدز AIDS Related complex (ARC) وفي حالات اخرى تكون اول علامة للاصابة بفيروس الأيدز هي ظهور واحد أو اكثر مما تسمى الحالات الانتهازية من العدوى (Opporlunistic infection) أو السرطان (Cancer) التي تصاحب الأيدز. ومن اكثر الحالات شيوعاً هي الحالة التي يكون فيها اللسان مغطى بنتوءات بيضاء، وهو ما يسمى "القلاع الفمي" Oral thrush أو الاصابة بفطر الكانديدا Candidiasis وهذه الكانديدا تدل على تدهور جهاز المناعة، والاصابة بالطفيليات المعوية تعد مشكلة اخرى، وتشمل الأمراض الشائعة الاخرى المتعلقة بمرض الايدز: الالتهاب الرئوي الناتج عن الاصابة بطفيل يسمى المتكيس الرئوي الكارنيني Pneumocystis carinii وهذا الطفيل يصيب حوالي 60% من مرضى الأيدز والالتهاب الرئوي الناتج يسمى حينئذ Pneamocystis carinii pnumonia، كما يوجد سرطان جلدي (يكون نادر الحدوث في غير المصابين بالايدز) يسمى Kaposi sar coma ومن الكائنات المرضية أو الامراض الاخرى فيروس البشتين - بار Epstein-Barr virus (EBV) وفيروس الحلا أو الهربس البسيط Herpes Simplex virus وفيروس السيتوميجالو Cytomegalo Virus (CMV) وأيضاً بعض الأمراض الناتجة عن بكتيريا مرضية مثل السالمونيلاوالتكسوبلازما والدرن (السل)، ycobacterium Aviumintrace llulare ، وقد يصاب بعض الناس بفيروس الأيدز ولا تظهر لديهم الأمراض الانتهازية ولكن قد تظهر عليهم الأعراض خلال سنتين إلى عشر سنوات أو أكثر أو بعد الاصابة بالفيروس. اما الأطفال الذين يولدون وهم مصابون بالايدز فقد تظهر عليهم الاعراض في فترة تقل عن المدة السابقة الذكر في البالغين.